JRとの接続駅
前項でも少し触れた点ですが、ちょっとややこしいので、しっかりチェックが必要です。例えば、快速「みえ」に乗車して「名古屋～鳥羽」間で乗車する場合です。この場合は、ショートカットするために途中で「河原田～津間」を伊勢鉄道の伊勢線経由で利用することがあるのですが、そうすると、別途で伊勢鉄道の運賃510円が必要になります。
JR関連会社が運営する各線も利用できません。JR東日本関連の東京モノレール、東海旅客鉄道（JR東海）関連の東海交通事業、西日本旅客鉄道（JR西日本）関連の嵯峨野観光鉄道、九州旅客鉄道（JR九州）関連のJR九州高速船、JRバス各社などが該当します。
ちなみに一部第三セクター鉄道では普通列車に乗車できる特例があります。それは、接続していたJR幹線が新幹線の開業によって並行在来線となって経営分離・第三セクター化された場合です。JR在来線との接続がなくなったJR路線、いわゆる「飛び地路線」は、その飛び地路線の起点の駅につながる一部第三セクター鉄道区間において、普通列車・快速列車自由席を通過利用できます。
対象となる区間は、JR線と第三セクター路線との接続駅ではその飛び地路線を利用するかどうかにかかわらずに乗降が可能です。ただし、接続駅以外の第三セクター鉄道区間内の駅では乗降はできません。あくまでも通過利用です。こうした細かいルールがいろいろあるので、事前にしっかり確認しておいた方がいいでしょう。