使用できない路線
「使用できない路線」は要チェックです。使用できない路線の代表は新幹線です。これは全列車が特急列車であるからで、特例もないので利用できません。
しかし、本州と北海道を結ぶ海峡線は例外です。それは2016年3月26日に北海道新幹線が開業したことから在来線の旅客列車が全廃されたからで、北海道新幹線では、有効な「青春18きっぷ」を携行しているなら、別途「青春18きっぷ北海道新幹線オプション券」（2,300円）を追加購入すれば、「奥津軽いまべつ駅～木古内駅」間で片道1回だけ普通車の空席を利用できます。
ちなみに「北海道&東日本パスの新幹線特例制度」とは大きく内容が異なります。新幹線の車両と設備を用いた在来線扱いの博多南線、上越線の「支線越後湯沢～ガーラ湯沢」間は、すべて特急列車の運行なのですが、特例区間にはなっていないので、青春18きっぷは利用できません。
東海道本線の「大垣～関ヶ原」間を走る定期普通列車は、下り列車でもすべてが垂井駅経由で運転されていて、旧新垂井駅経由の下り本線「大垣駅～関ケ原駅」間ルートを通る列車は特急列車だけです。従って、青春18きっぷではこの区間の利用ができません。
また、青春18きっぷ発売開始以来、JR線以外の会社線である私鉄、公営鉄道、第三セクター等の路線では原則使用ができません。JR線と会社線を直通運転する列車を利用する場合は、その区間に有効な乗車券が別に必要です。整備新幹線の開業で第三セクターに転換された路線でも原則使用できません。